Vuonna 1998 avattua Siida-rakennusta uudistettiin vastaamaan kasvaneita toimintoja ja kävijämääriä. Hankkeen kärkenä olivat Saamelaismuseolle rakennettavat asianmukaiset uudet kokoelmatilat ja teknisesti ja toiminnallisesti nykyvaatimukset täyttävät museo- ja luontokeskustilat.
Museon uudisosan aula suunniteltiin väljäksi kokonaisuudeksi, minne myös uudistunut museomyymälä sai suuremmat tilat. Kaikki näyttelytilat sijoitettiin museon toiseen kerrokseen ja alkuperäisenä säilynyt päänäyttely uudistettiin Harri Koskisen suunnitelmien mukaan.
Myös museon työtiloja modernisoitiin Senaatin uusien ohjeistusten mukaisiksi. Uudet laajennusosat, kokoelmavarasto ja ravintola suunniteltiin olemassa olevan rakennusmassan jatkoksi.
Hankkeessa haasteellisinta oli rakennuksen laajentaminen niin, että olemassa oleva museo säilyttäisi dominantin aseman. Ratkaisuna tähän uusi kokoelmavaraston rakennus upotettiin osittain maan sisään, jolloin rakennuksen todellinen koko ei vie huomiota museo-osalta. Ratkaisun myötä alkuperäinen museorakennus on nyt selkeästi havaittavissa uudesta kokonaisuudesta. Uusiin laajennusosiin tuotiin elementtejä olemassa olevan museon julkisivumateriaaleista ja muotoilusta, yhtenäisen kokonaisilmeen saavuttamiseksi.
